潔淨棚的壓差是控製汙染的有效手段:
每個潔淨棚投入使用前，都應按照設計要求的自淨時間來製定淨化空調機組提前開啟的時間。按照潔淨棚的使用特點，自淨時間在設計時已確定。淨化空調設備管理人員應在這個時間以前開啟機組(對於有值班風機的係統，這一時間可以短一點;對於無值班風機的係統，這一時間則需要長一點)。
潔淨棚的壓差可維持整個潔淨區空氣的壓力梯度，保證空氣從高潔淨度區域流向低潔淨度區域，或按指定的方向流動，是控製汙染的有效手段。在製藥企業及負壓病房等潔淨室，該壓差也是控製交叉汙染的有效措施。這種有序的空氣流動，可確保各淨化棚的潔淨度及細菌數滿足要求。潔淨棚壓差控製是靠自動控製係統對室內送風量、回風量和排風量的監控及調節來完成的。
當潔淨棚的送風量大於排風量和回風量之和時，室內呈正壓，淨化棚內空氣會經門縫等處向鄰室或走廊滲透。這樣，就可以抵禦低壓區空氣中微粒的滲入，這是正常的運行工況。
